HWBP-projecten zijn vaak grote projecten waar meerdere jaren aan wordt gewerkt. Daarom is er in de regeling de mogelijkheid opgenomen om voor reguliere projecten de geraamde kosten te indexeren.
In de subsidieregeling stond altijd al vastgelegd dat indexering kan worden uitbetaald aan subsidieprojecten in de realisatiefase waarvan het totale realisatiebudget hoger is dan 40 miljoen euro. Sinds het begin van het HWBP constateert de alliantie dat projecten complexer zijn dan verwacht, en daardoor omvangrijker zijn en langer duren dan gedacht. De impact van inflatie wordt daarom ook groter. Uit die ontwikkeling kwam de aanbeveling om de mogelijkheid van indexering uit te breiden naar alle projectfasen die langer duren dan een jaar.
Daarom is de subsidieregeling HWBP is per 1 april 2021 gewijzigd.